Kritikken hagler ned over den nye grænse på én million kroner for, hvornår fiskere må bundtrawle i beskyttede havområder. Ifølge dokumenter fra Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri har denne grænse betydning for, at fiskeri må finde sted i områder, hvor aktiviteterne ellers skulle forbydes af hensyn til naturbeskyttelse. En række naturorganisationer og eksperter reagerer stærkt og undrer sig over, hvor denne økonomiske grænse stammer fra. Helle Tegner Anker, juraprofessor ved Københavns Universitet, påpeger, at økonomiske hensyn som hovedregel ikke bør indgå i beslutninger om Natura 2000-beskyttelse, der er reguleret af EU.
Hun forklarer, at medlemsstaterne er forpligtede til at beskytte Natura 2000-områder, og det kræver en naturfaglig vurdering for at afgøre, om aktiviteter kan skade området. Ifølge de seneste informationer betyder grænsen på én million kroner, at kun 20 procent af et beskyttet område ved Skagen, hvor bundtrawl er udbredt, bliver friholdt for denne type fiskeri. Hvis hele beskyttelsesområdet blev friholdt, ville det ifølge ministeriet få økonomiske konsekvenser for fiskerne på op til 2,8 millioner kroner om året.
Dokumenterne fra ministeriet viser, at den økonomiske grænse er en politisk beslutning, der tilstræber at balancere hensyn til både miljøet og fiskeriet. Helle Tegner Anker nævner også, at der er mulighed for at tillade skadelige aktiviteter, hvis de er nødvendige af samfundsmæssige årsager, men påpeger, at disse krav sjældent er opfyldt i forbindelse med fiskeri i beskyttede naturområder.
Jørgen L. S. Hansen, seniorforsker ved Aarhus Universitet, hævder, at man skal vurdere grænsen i forhold til det økologiske tab, som bundtrawl forårsager. Han mener ikke, at fiskeri med bundtrawl er nødvendigt for samfundet, især i lyset af nedgangen i fiskebestande. Derudover finder han, at der findes mere skånsomme fiskeredskaber, der er mindre skadelige for miljøet.
DR har forsøgt at kontakte fiskeriminister Jacob Jensen for at få indsigt i tankerne bag beslutningen om grænsen på én million kroner og for at høre, om han anser bundtrawling i naturområder som nødvendige samfundshensyn. Ministeren har dog ikke været tilgængelig for kommentarer.